Всё делается на debian 8

Ставим git

apt-get install git

Создаем пользователя git

adduser git

Заходим под ним

Создаем в домашнем каталоге каталог .ssh

mkdir .ssh
chmod 700 ./.ssh

В каталоге .ssh создаем файл authorized_keys

touch authorized_keys
chmod 600 /home/git/.ssh/authorized_keys

Вписываем в этот файл свой public key из Puttygen - Public key for pasting into OpenSSH authorized_keys file (поле в верхней части окна программы) и сохраняем

Всё, можно заходить по ключу.

Создаем каталог для репозитория

Например /home/git/project/aplab.ru.git

Внутри каталога выполняем

git init --bare

Всё готово, прописываем у себя remote repository path (origin)

ssh://git@host:port/home/git/project/aplab.ru.git

Далее Например

git push origin master