Editor -> Colors & Fonts -> General
Injected language-> Background defaulе value 364135
New value Off background
После обновлений имеет смысл удалять свою кастомную тему и включать ту тему из коробки, из которой была сделана своя тема, а потом вносить в неё свои необходимые изменения.
Я советую так делать потому что после очередного обновления в тему могут быть внесены улучшения создателями phpstorm.
Например, при обновлении до 10.0.3 после 9.х.х я заметил небольшое изменение цветовой гаммы, так что субъективно стало более приятно смотреть.